MarkReaderで処理をするSourceフォルダが，次のような構造を持つ場合，その構造を反映させた集計ができるようになっている．
これは，どういうことかというと，
アンケート┬2008年度┬１年┬A組─調査票画像群 │ │ ├B組─調査票画像群 │ │ └C組─調査票画像群 │ ├２年┬A組─調査票画像群 │ │ ├B組─調査票画像群 │ │ └C組─調査票画像群 │ └３年┬A組─調査票画像群 │ ├B組─調査票画像群 │ └C組─調査票画像群 └2009年度┬１年┬A組─調査票画像群 │ ├B組─調査票画像群 │ └C組─調査票画像群 ├２年┬A組─調査票画像群 │ ├B組─調査票画像群 │ └C組─調査票画像群 └３年┬A組─調査票画像群 ├B組─調査票画像群 └C組─調査票画像群
といった構造のときに，「アンケート」のフォルダにマスタとなる調査票印刷原稿PDFを入れて，「アンケート」のフォルダをMarkReaderで処理する．すると，「アンケート」以下の年度，学年，組のそれぞれのフォルダ下に「調査結果」フォルダが作成され，集計表ファイルとチャート画像ファイル，チャート画像一覧HTMLファイル，自由記述欄画像ファイル，自由記述欄画像一覧HTMLファイルがそれぞれの「調査結果」フォルダに対して生成される，というものである．
大規模な調査で，調査を実施する組織の階層構造に応じて調査票を回収し，また，その階層構造に応じて集計結果を報告したいということがよくある．そうした場合に，この機能が有効だと考えている(実際に，千葉商科大学政策情報学部の授業調査では，この機能を先行的に利用して教員ごと・科目ごとの集計結果を生成している)．
なお，集計表ファイルとチャート画像だけでなく，についても保存するようにしている．ただし，この機能には，まだいくつかバグがある．チャート画像ファイルが保存されるのは，幹のフォルダの「集計結果」フォルダではなくて，枝のフォルダ下の「集計結果」フォルダだけにしたい．このとき，自由記述欄画像一覧HTMLファイルから自由記述欄画像ファイルへの相対パスを，場合に応じて正しく指定する必要があるが，階層化に応じたパス指定がうまくできていないのだ．
ともあれ，もう少しでこのあたりの一連の機能をリリースできる見込みになってきた．そうしたら，Resultブラウザの再実装や，メッセージの国際化といったような，かねてからの懸案の作業にも着手できるようになるだろう．
